R に関する目次です。「データフレームから特定の列・行を抽出する」のように 作業内容による目次 になっています。関数名による目次は R 関数の目次 をご覧ください。

1. R の基礎
   • インストールなど全体的な項目
   • R のオブジェクトについて
   • データの前処理
2. R を使った統計検定など
   • 相関・回帰分析
3. R を使った図の作成
   • ggplot を使った図の作成
   • ヒートマップの作成

R の基礎

R では、データは オブジェクト と呼ばれ、様々な「型」をもちます。ややこしい概念なので、インストールがまだなら R の概要のページを、インストール済みの R 初心者なら R オブジェクトのデータ型一覧のページを最初に読むことをお勧めします。

インストールなど全体的な項目

1. R の概要: インストール方法、全体的な説明
2. R のパッケージ: 各種パッケージのインストール方法など
   • tidyverse パッケージ
3. R の組み込みデータセット: 一覧と便利な使い方
4. R のスクリプト
5. R の for loop
6. R の if statement
7. R の演算子

R のオブジェクトについて

1. R オブジェクトのデータ型一覧: 基本型、モード型、クラス型
   • データフレームと行列 matrix の違い
2. オブジェクトの作成
   • Excel ファイルからのデータ読み込み
   • テキストファイルからのデータ読み込み: csv, tsv もここに記載
   • テキストファイルからのコピペでオブジェクトを作成
3. データフレームについて
   • データフレームの概要
   • データフレームから特定の行・列を抽出する: filter() 関数、select() 関数
   • データフレームの行名、列名を扱う
   • データフレーム・重複の取り扱い: 重複行を抽出・削除
   • データフレームを結合する → join 関数
   • データフレームで各行の最大値をとる
   • データフレームで全ての値が 0 の行、列を探す

データの前処理

1. ベクターの取り扱い
   • ベクターの要素を置換する: sub(), gsub() 関数
2. NA の 取り扱い
3. データの縦長、横長を変換 → pivot 系の関数

R を使った統計検定など

このサイトには統計のページもあり、以下の検定については R を使った実際の検定方法を紹介しています。

1. Shapiro-Wilk test: 正規性の検定
2. Log-rank test: 生存時間分析
3. Mann-Whitney の U テスト: ノンパラメトリックな 2 群比較。統計のページ と R wilcox.test のページ。
4. One-way ANOVA と post-hoc test: 群が複数ある場合。多重比較検定。
5. Two-way ANOVA と post-hoc test: 群が複数ある場合。多重比較検定。

相関・回帰分析

1. ピアソンの相関
2. lm 関数を用いた単回帰分析
3. lm 関数を用いた重回帰分析
4. glm 関数を用いたロジスティック回帰分析
5. glmnet を用いた正則化回帰: LASSO 回帰、Ridge 回帰、Elastic net

その他 R についての実践的なページです。

1. 主成分分析: 原理、R を使った分析
2. 信頼区間の計算
3. 同義置換・非同義置換率の計算: kaks 関数
4. 数値の大小でカットオフまたは 0/1 に変換する
5. アルファ多様性の計算
6. ベータ多様性の計算
7. adonis2() 関数による PERMANOVA
8. dbrda() 関数による群衆組成の解析
9. MaAsLin2: マイクロバイオーム解析パッケージ
   • Maaslin に交互作用項を含める

R を使った図の作成

ここには、主にデフォルトの関数を使う方法をまとめています。下の方に ggplot を使った図の作成 の項目があるので、そちらも参考にして下さい。

1. 線の種類など、オプションのまとめ
2. ヒストグラムの作成: hist() 関数
3. 散布図の作成: plot() 関数
4. 棒グラフの作成: barplot() 関数
5. 箱ひげ図の作成: boxplot() 関数
6. Bee swarm plot の作成: beeswarm() 関数
7. ベン図の作成: venn.diagram() 関数
8. Correlation matrix の作成
9. 図に legend を追加する: legend() 関数
10. 図をファイルとして保存する: png, pdf などいろいろ。

ggplot を使った図の作成

1. ggplot の基本的な使い方
2. ggplot による散布図の作成
3. ggplot による棒グラフの作成
4. ggplot によるバブルプロットの作成
5. ggplot によるヒートマップの作成
6. ggplot によるバイオリンプロットの作成
7. 複数の ggplot グラフをまとめて出力する

ヒートマップの作成

ヒートマップに関するページが増えてきたので、独立した項目にしました。

1. ヒートマップの作成: 概要、さまざまな関数を紹介
2. ggplot2 によるヒートマップ: geom_tile
3. ヒートマップのクラスタリング: ComplexHeatmap() 関数
4. ヒートマップから特定のクラスターを抽出する: ComplexHeatmap() 関数
5. 行アノテーションの追加: ComplexHeatmap() 関数
6. 列アノテーションの追加: ComplexHeatmap() 関数

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