Colv, Rowv

Colv = NA で列をクラスタリングしなくなる。行のクラスタリング解除は Rowv = NA である。

scale

scale = c("row/column/none") で、行ごと、列ごとの色の設定などを指定。

クラスタリング

• cluster_cols = TRUE または FALSE
• cluster_rows = TRUE または FALSE

行列の名前、位置

• show_rownames: TRUE または FALSE
• show_colnames: TRUE または FALSE

残念ながら、row names を左に置くためのオプションはない。不可能ではない。また、ComplexHeatmap::pheatmap という関数を使えば、ComplexHeatmap のオプションを使いつつ pheatmap の色にできるようだ。

クラスタリング
ヒートマップの分割

• cluster_columns = TRUE または FALSE
• cluster_rows = TRUE または FALSE
• show_column_dend = TRUE または FALSE
• show_row_dend = TRUE または FALSE

この他、k-means 法によるクラスタリング、外部の関数で行ったクラスタリングの読み込みなどが可能。詳細は ComplexHeatmap 関数: ヒートマップのクラスタリング を参照のこと。

row_split = 2 のようにして、クラスタリングにしたがってヒートマップに切れ目を入れることもできる。この方法も、リンク先のページに移動した。

行列の名前、位置、角度

• show_row_names: TRUE または FALSE
• show_column_names: TRUE または FALSE
• row_names_side = "left" または "right"
• column_names_side: "top" または "bottom"
• column_names_rotate: 45 のように角度で指定
• row_title = c("文字列") でタイトル指定
• column_title = c("文字列") でタイトル指定

デンドログラム表示、位置

• show_row_dend: TRUE または FALSE
• show_column_dend: TRUE または FALSE
• row_dend_side = "left" または "right"
• column_dend_side: "top" または "bottom"

レジェンド表示
show_heatmap_legend

TRUE または FALSE

na_col

この関数は、NA があってもクラスタリングをすることができる (4)。ただし、距離行列を計算することができない場合にはクラスタリングできない (参考)。全て NA の列があったりすると、距離行列は計算できない。

Hclust という関数をクラスタリングに使っているので、これは Hclust の特徴と思われる。

name

name = "parameter" のようにして、legend の名前を決める。

cell_fun

定めた関数に応じて、それぞれのセルにグラフィックを追加する。有意なセルにアスタリスクを表示させるのはよくある表現法である。方法は このページ や文献 4 の cell_fun の項目に書かれている。

cell_fun = function(j, i, x, y, width, height, fill) { if(mat[i, j] < 0.05) {grid.text("*", x, y)} # grid.text(sprintf("%.1f", mat[i, j]), x, y, gp = gpar(fontsize = 10)) }

col

色の設定。circlize というライブラリを読み込み、col_fun = colorRamp2(c(0, 5, 10), c("blue", "white", "red")) のように col_fun を設定する。これを col = col_fun として Heatmap 関数内で参照する。

width
height

Heatmap 部分の全体の大きさを設定。それぞれのセルは自動で同じ大きさになる。行名、列名の部分のサイズは、これではなく下にある column_names_max_height などで指定する。

unit を使い、width = unit(5.0, "cm") のように指定する。

Heatmap を作る mat を使って、width = ncol(mat)*unit(5, "mm"), height = nrow(mat)*unit(5, "mm") とすれば、各パネルの大きさを揃えることができる。

row_names_max_width
column_names_max_height

名前が長いと、端が切れてしまって全部表示されないことがある。その場合はこれで設定。同じように、unit を使って row_names_max_width = unit(2.0, "cm") のようにする。

heatmap_legend_param

Legend に関係するパラメーターを設定する。list の中に入れる。

heatmap_legend_param = list(title = "rnorm", at = c(-2, 0, 2), labels = c("neg_two", "zero", "pos_two"))

• title: Legend のタイトル。name と同じに見える
• at: 連続変数の場合、上限、中間点、下限を決める
• labels: at に対応して、ラベルを決める