Maaslinに交互作用項を含める

UB3/informatics/r/maaslin_interaction

このページの最終更新日: 2023/08/11

Maaslin に交互作用項を含める

diagnosis と dysbiosis の二つを説明変数にしたスクリプト。これでも問題なく動くが、maaslin で交互作用項を計算したい場合がある。

交互作用については、とりあえず交絡のページで交絡とともに説明している。

上と同じように、dysbiosis と diagnosis を説明変数とするが、それらの交互作用も計算する。Maaslin2 には、これを直接計算する機能は備わっておらず、自分で変数として追加しなければならないようだ (4)。

nonIBD が reference なので、CD と UC を使用する。

まずはデータの読み込み。

これは、Maaslin のライブラリからデータを読み込んでいるが、このページで使ってきた csv を読み込んだデータセットと同一である。

次に、以下のようにメタデータを追加する。

df_input_metadata$CD_dysbiosis は、df_input_metadata に新しい列を追加している。df_input_metadata$diagnosis == "CD" は TRUE または FALSE を与える。これに dysbiosis を掛け算している。

よって、新しい列 CD_dysbiosis には、diagnosis が CD ならば dysbiosis の値がそのまま入り、そうでなければ 0 が入るということになる。もちろん nonIBD の場合にも 0 が入る。

もう一つの列 UC_dysbiosis も同様で、UC の行にのみ dysbiosis の値が入り、その他の場合は 0 になる。

この追加した 2 列を、fixed_effects に加えて Maaslin 解析を実行する。すると、結果に CD_dysbiosis および UC_dysbiosis の行ができる。この coef が交互作用の coef である。

連続変数で交互作用を調べたいときはどうするのか？

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