R の目次
このページの最終更新日: 2024/04/05
R に関する目次です。「データフレームから特定の列・行を抽出する」のように
R の基礎
R では、データは
インストールなど全体的な項目
- R の概要: インストール方法、全体的な説明
- R のパッケージ: 各種パッケージのインストール方法など
- R の組み込みデータセット: 一覧と便利な使い方
- R のスクリプト
- R の for loop
- R の if statement
- R の演算子
R のオブジェクトについて
- R オブジェクトのデータ型一覧: 基本型、モード型、クラス型
- オブジェクトの作成
- Excel ファイルからのデータ読み込み
- テキストファイルからのデータ読み込み: csv, tsv もここに記載
- テキストファイルからのコピペでオブジェクトを作成
- データフレームについて
- データフレームの概要
- データフレームから特定の行・列を抽出する: filter() 関数、select() 関数
- データフレームの行名、列名を扱う
- データフレーム・重複の取り扱い: 重複行を抽出・削除
- データフレームを結合する → join 関数
- データフレームで各行の最大値をとる
- データフレームで全ての値が 0 の行、列を探す
データの前処理
- ベクターの取り扱い
- ベクターの要素を置換する: sub(), gsub() 関数
- NA の 取り扱い
- データの縦長、横長を変換 → pivot 系の関数
R を使った統計検定など
このサイトには統計のページもあり、以下の検定については R を使った実際の検定方法を紹介しています。
- Shapiro-Wilk test: 正規性の検定
- Log-rank test: 生存時間分析
- Mann-Whitney の U テスト: ノンパラメトリックな 2 群比較。統計のページ と R wilcox.test のページ。
- One-way ANOVA と post-hoc test: 群が複数ある場合。多重比較検定。
- Two-way ANOVA と post-hoc test: 群が複数ある場合。多重比較検定。
相関・回帰分析
その他 R についての実践的なページです。
- 主成分分析: 原理、R を使った分析
- 信頼区間の計算
- 同義置換・非同義置換率の計算: kaks 関数
- 数値の大小でカットオフまたは 0/1 に変換する
- MaAsLin2: マイクロバイオーム解析パッケージ
- アルファ多様性の計算
- ベータ多様性の計算
- dbrda() 関数による群衆組成の解析
R を使った図の作成
ここには、主にデフォルトの関数を使う方法をまとめています。下の方に ggplot を使った図の作成 の項目があるので、そちらも参考にして下さい。
- 線の種類など、オプションのまとめ
- ヒストグラムの作成: hist() 関数
- 散布図の作成: plot() 関数
- 棒グラフの作成: barplot() 関数
- 箱ひげ図の作成: boxplot() 関数
- Bee swarm plot の作成: beeswarm() 関数
- ベン図の作成: venn.diagram() 関数
- Correlation matrix の作成
- 図に legend を追加する: legend() 関数
ggplot を使った図の作成
- 基本的な使い方
- ggplot による散布図の作成
- ggplot によるヒートマップの作成 → 下の「ヒートマップの作成」を参照
ヒートマップの作成
ヒートマップに関するページが増えてきたので、独立した項目にしました。
- ヒートマップの作成: 概要、さまざまな関数を紹介
- ggplot2 によるヒートマップ: geom_tile
- ヒートマップのクラスタリング: ComplexHeatmap() 関数
- ヒートマップから特定のクラスターを抽出する: ComplexHeatmap() 関数
- 行アノテーションの追加: ComplexHeatmap() 関数
- 列アノテーションの追加: ComplexHeatmap() 関数
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