Bioinformatics に関する目次です。Informatics の目次 から分離しました。

塩基配列の解析

この目次に沿ってサイトを見るときには問題にならないと思いますが、URL はあまり統一されていません。bowtie2 や cap3 は bioinformatics/ に、seqret や seqkit は commands_mac/ にあります。

基礎的な項目

1. 塩基配列解析に使われるファイルの特徴と扱い
2. アラインメントの原理と主なプログラムの特徴
3. BLAST
4. ホモログ・オーソログ・パラログの定義
5. 次世代シークエンシング: 原理、方法、データ解析などの基礎

Mac を使った配列解析

1. ターミナルの使い方
2. シェルスクリプトと vi エディタ
3. 「パスを通す」とはどういうことか
4. Mac での Local BLAST
5. CAP3 によるアセンブル
6. bowtie2 の Mac へのインストール、マッピング
7. マッピングを利用した SNP の検出
8. samtools の使い方
9. bcftools の使い方

Bioinformatics に便利な Mac のコマンド

1. seqret
2. seqkit

Linux を使った配列解析

1. bowtie2 の Linux Ubuntu へのインストール

分子系統樹

1. 分子系統樹の基礎
2. 最尤法など: Mac の MEGA
3. 最尤法など: Linux の MEGA
4. ベイズ法: Mac の MrBayes
5. ベイズ法: Mac の BEAST2

画像の解析

画像ファイルに関係する項目の目次です。Informatics の目次にある「基礎」と重複しているものもあります。

コメント欄

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References