バイオインフォマティクスの目次

UB3/informatics/informatics_meta/index_bioinformatics
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Bioinformatics に関する目次です。Informatics の目次から分離しました。この目次に沿ってサイトを見るときには問題にならないと思いますが、URL はあまり統一されていません。bowtie2 や cap3 は bioinformatics/ に、seqret や seqkit は commands_mac/ にあります。

  1. Mac/Linux シェルの基礎
  2. アラインメント・BLAST
  3. 次世代シークエンシング
  4. 分子系統樹
  5. 画像の解析

Mac/Linux シェルの基礎

  1. ターミナルの使い方
  2. Homebrew: パッケージ管理システム
  3. シェルスクリプトについて: 雑多な tips はとりあえずここに。
  4. 「パスを通す」とはどういうことか
  5. for の使い方
  6. vi エディタ

Bioinformatics tips

  1. 常にタイポの可能性を意識しよう

アラインメント・BLAST

  1. 塩基配列解析に使われるファイルの特徴と扱い
  2. ホモログ・オーソログ・パラログの定義
  3. アラインメントの原理と主なプログラムの特徴
  4. BLAST
  5. Mac での Local BLAST

次世代シークエンシング

基礎的な項目

  1. 次世代シークエンシング (NGS): 概要と用語集
  2. Paired-end とは
  3. NGS データ解析: データベースの見方とダウンロード方法
  4. fastq ファイルのクリーンアップ: アダプター除去、クオリティチェックなど

アセンブル

  1. アセンブリープログラムの概要
  2. CAP3 によるアセンブル
  3. ABySS によるアセンブル

マッピング

  1. bowtie2 の Mac へのインストール、マッピング
  2. マッピングを利用した SNP の検出
  3. samtools の使い方
  4. bcftools の使い方

発現解析

  1. fastq から発現量マトリクスを作成する

その他の便利な Mac/Linux のコマンド

  1. fastq-dump: NGS データのダウンロード
  2. EMBOSS: Bioinformatics 用のパッケージ
  3. seqret: FASTA ファイルの取り扱い
  4. seqkit: FASTA ファイルの取り扱い
  5. augustus: ゲノムから遺伝子を予測するプログラム

分子系統樹

2022 年夏現在、ProtTest で最適なモデルを決定し、Mac と Linux の MrBayes で計算という手順で系統樹を作っています。

  1. 分子系統樹の基礎
  2. 最適なモデルを決定: ProtTest
  3. ベイズ法: Mac の MrBayes

以下は私がもう使っていない方法ですが、役立つこともあると思うので残しておきます。

  1. 最尤法など: Mac の MEGA
  2. 最尤法など: Linux の MEGA
  3. 系統解析プラットフォーム CIPRES で MrBayes
  4. ベイズ法: Mac の BEAST2

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画像の解析

画像ファイルに関係する項目の目次です。Informatics の目次にある「基礎」と重複しているものもあります。

画像ファイルの基礎

  1. 画像ファイルの種類
  2. 画像の解像度とは
  3. 画像ファイルのプライバシー
  4. Hex color code とは

各種ソフトの使い方

  1. XnView: 画像編集ソフト
  2. ImageJ を用いた色相 hue の解析

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