バイオインフォマティクスの目次

informatics/informatics_meta/index_bioinformatics
2018/02/05 更新


Bioinformatics に関する目次です。Informatics の目次 から分離しました。


このページの内容

  1. 塩基配列の解析
    • 基礎的な項目
    • Mac を使った配列解析
    • 分子系統樹

  2. 画像の解析

その他の目次


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塩基配列の解析

基礎的な項目、未整理

  1. 塩基配列解析に使われるファイルの特徴と扱い
  2. アラインメントの原理と主なプログラムの特徴
  3. BLAST
  4. ホモログ・オーソログ・パラログの定義
  5. 次世代シークエンシング: 原理、方法、データ解析などの基礎

Mac を使った配列解析

  1. ターミナルの使い方
  2. シェルスクリプトと vi エディタ
  3. 「パスを通す」とはどういうことか
  4. Mac での Local BLAST
  5. CAP3 によるアセンブル
  6. bowtie2 の Mac へのインストール、マッピング
  7. マッピングを利用した SNP の検出
  8. samtools の使い方
  9. bcftools の使い方

Linux を使った配列解析

  1. bowtie2 の Linux Ubuntu へのインストール

分子系統樹

  1. 分子系統樹の基礎
  2. 最尤法など: Mac の MEGA
  3. 最尤法など: Linux の MEGA
  4. ベイズ法: Mac の MrBayes
  5. ベイズ法: Mac の BEAST2

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画像の解析

画像ファイルに関係する項目の目次です。Informatics の目次にある「基礎」と重複しているものもあります。

画像ファイルの基礎

  1. 画像ファイルの種類
  2. 画像の解像度とは
  3. 画像ファイルのプライバシー

各種ソフトの使い方

  1. XnView: 画像編集ソフト
  2. ImageJ を用いた色相 hue の解析

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