Bioinformatics に関する目次です。Informatics の目次 から分離しました。

Mac, Linux の基礎

Bioinformatics 解析は、Mac または Linux を使ってやっています。Mac の概要 にも関係するページへのリンクがありますが、とくに bioinformatics に重要なページをここにも載せておきます。

1. ターミナルの使い方
2. Homebrew: パッケージ管理システム

塩基配列の解析

この目次に沿ってサイトを見るときには問題にならないと思いますが、URL はあまり統一されていません。bowtie2 や cap3 は bioinformatics/ に、seqret や seqkit は commands_mac/ にあります。

基礎的な項目

1. 塩基配列解析に使われるファイルの特徴と扱い
2. アラインメントの原理と主なプログラムの特徴
3. BLAST
4. ホモログ・オーソログ・パラログの定義
5. 次世代シークエンシング (NGS): 原理、方法など
6. NGS データ解析: 主に sra ファイルの取り扱い

Mac を使った配列解析

1. ターミナルの使い方
2. シェルスクリプトと vi エディタ
3. 「パスを通す」とはどういうことか
4. Mac での Local BLAST
5. CAP3 によるアセンブル
6. bowtie2 の Mac へのインストール、マッピング
7. マッピングを利用した SNP の検出
8. samtools の使い方
9. bcftools の使い方

Bioinformatics に便利な Mac のコマンド

1. seqret
2. seqkit

Linux を使った配列解析

1. bowtie2 の Linux Ubuntu へのインストール

分子系統樹

2018 年夏現在、ProtTest で最適なモデルを決定し、CIPRES で計算という手順で系統樹を作っています。

1. 分子系統樹の基礎
2. 最適なモデルを決定: ProtTest
3. 系統解析プラットフォーム CIPRES で MrBayes

以下は私がもう使っていない方法ですが、役立つこともあると思うので残しておきます。

1. 最尤法など: Mac の MEGA
2. 最尤法など: Linux の MEGA
3. ベイズ法: Mac の MrBayes
4. ベイズ法: Mac の BEAST2

画像の解析

画像ファイルに関係する項目の目次です。Informatics の目次にある「基礎」と重複しているものもあります。

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