Bioinformatics に関する目次です。Informatics の目次 から分離しました。

塩基配列の解析

基礎的な項目、未整理

1. 塩基配列解析に使われるファイルの特徴と扱い
2. アラインメントの原理と主なプログラムの特徴
3. BLAST
4. ホモログ・オーソログ・パラログの定義
5. 次世代シークエンシング: 原理、方法、データ解析などの基礎

Mac を使った配列解析

1. ターミナルの使い方
2. シェルスクリプトと vi エディタ
3. 「パスを通す」とはどういうことか
4. Mac での Local BLAST
5. CAP3 によるアセンブル
6. bowtie2 の Mac へのインストール、マッピング
7. マッピングを利用した SNP の検出
8. samtools の使い方
9. bcftools の使い方

Linux を使った配列解析

1. bowtie2 の Linux Ubuntu へのインストール

分子系統樹

1. 分子系統樹の基礎
2. 最尤法など: Mac の MEGA
3. 最尤法など: Linux の MEGA
4. ベイズ法: Mac の MrBayes
5. ベイズ法: Mac の BEAST2

画像の解析

画像ファイルに関係する項目の目次です。Informatics の目次にある「基礎」と重複しているものもあります。

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References