Mac でベイズ法の系統樹を作る:
MrBayes のインストールと使い方

informatics/bioinformatics/tree_make_mybayse_mac
2018/08/13 更新

  1. Mac への MrBayse のインストール
  2. BEAST に逃げる?
  3. BEAST2 のインストール

広告

Mac への MrBayse のインストール

Mac は OS High Sierra、MrBayse は Mac version 3.2.6、インストールと系統樹作成は 2018 年 3 月。

ターミナルを使うので、慣れていない人は以下のページも参考になるだろう。


また、圧縮フォルダを解凍して、そこにあるコマンドを実行するという意味で、以下のページにも近い。


インストール方法

公式ページ からダウンロード、解凍して現れたフォルダを所定のフォルダに移す。バージョンによって相性があるようである。 (日本語の参考ページ)

以下は、ダウンロードしたフォルダのマニュアルに書かれていたインストール方法に基づいている。

  1. Xcode, Homebrew が必要。Homebrew のインストール方法は、bowtie2 のページにある。
  2. bres install openmpi をターミナルで実行し、MPI 環境をインストール。これは問題なく成功。
  3. MPI 環境がインストールされたが、MrBayes のフォルダで mpirun -np 2 mb-mpi のようにコアの数を -np で指定しつつ実行すれば良いと書かれている。

しかし、3 を実行したところ以下のようなエラーが。

dyld: Library not loaded: /usr/local/lib/libhmsbeagle.1.dylib
  Referenced from: /Users/Taro/Documents/MrBayes/mb-mpi
  Reason: image not found

dyld: Library not loaded: /usr/local/lib/libhmsbeagle.1.dylib
  Referenced from: /Users/Taro/Documents/MrBayes/mb-mpi
  Reason: image not found


必要なライブラリがロードされていないというエラーのようである。これはマニュアルのトラブルシューティングに書かれていたので、/usr/bin で sudo ln -s libedit.2.dylib libedit.3.dylib を実行。

ln はシンボリックリンクを貼るコマンドである。

/usr/bin は一般に保護されたフォルダなので、Operation not permitted というエラーが出る。

しかし、これをトライしたあとに再び 3 を実行すると、エラーの内容が変わっていた...?

dyld: Library not loaded: /usr/local/lib/libhmsbeagle.1.dylib


MrBayes のフォルダで mpirun -np 2 mb-mpi を実行すれば、このエラーは出ないのか? エラーが刻々と移り変わってゆくので、ちょっとは前進しているのだろう。

次は、以下のパスにライブラリの 12 番がないというエラー。

dyld: Library not loaded: /usr/local/opt/open-mpi/lib/libmpi.12.dylib


brew reinstall -s lammps を実行。他のソフトに影響が出なければ良いが。しかし解決せず、実際にこのフォルダに行ってみると libmpi.12.dylib というファイルがそもそもない。

パーミッションの問題であることが多いのだが、これはこのファイルを入手しなければならないということ。


広告

BEAST に逃げる?

この解決が難しそうなので、とりあえず MrBayes は諦め BEAST のインストールを試みた。

  • ここ から Beast をインストール。立ち上がるが、実行すると BEAGLE Library が必要というエラーが。
  • ここ に従って BEAGLE library をインストール。
  • 最初の brew のコマンドは動くが、その次の svn checkout http://beagle-lib.googlecode.com/svn/trunk/ beagle-lib が見つからない。
  • ググって ここ へ。Dropbox で怪しい感じだが、github なので信用する。.pkg がダウンロードできるので、これで BEAGLE-2.1.2 をインストール。MrBayes もこのライブラリを使うと書いてあるので実行してみたが、同じエラー。
  • だが、たぶん BEAST は動くようになった。

とここまでやったところで、BEAST には新しい BEAST2 というバージョンがあることがわかった。以降の操作は BEAST2 のページ にまとめた。


広告

コメント欄

一言コメントをどうぞ! (基本500字まで - 100字のページもあるかも)



フォーラムを作ったので、各ページにあるコメント欄のうち、コメントがついていないものは順次消していきます。今後はフォーラムをご利用下さい。管理人に直接質問したい場合は、下のバナーからブログへ移動してコメントをお願いします。


References