Mac でベイズ法の系統樹を作る:
BEAST2 のインストールと使い方

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2018/10/24 更新

  1. Mac への BEAST2 のインストール
    • Java version 8 のインストール
  2. 結局、CIPRES がベストか?

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Mac への BEAST2 のインストール

Mac は OS High Sierra、BEAST2 は Mac version 2.4.8、インストールと系統樹作成は 2018 年 3 月。

ターミナルを使うので、慣れていない人は以下のページも参考になるだろう。


Java version 8 インストール

BEAST2 のページからダウンロード。アプリケーションフォルダにドラッグするタイプの簡単なインストール。立ち上げると Java version 8 が必要と言われた。java.com からインストールしようとしたところ、Java version 9 が既に Mac にあるというメッセージ。BEAST2 がこれに対応していないものと思われた。

このときのファイルは jre-8u161-macosx-x64。下記の jdk-8u161-macosx-x64 とどう違うのか、よくわからない。

ネットで見てみると、同じ問題を抱えている人がいるようである。Java をダウングレードする、単に古いバージョンの Java をデフォルトに指定するなどの方法があるようだ (1)。


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/usr/libexec/java_home -V

を実行してみると、Java SE 6 というのがインストールされているようである。Java SE と Java が違うのかどうかもよくわからない。

再インストールが簡単そうだったので、oracle から Java 8 をダウンロード。jdk-8u161-macosx-x64 というファイル。こちらは、「version 9 が既にある」などと言われることなく、普通にインストールが可能だった。

ターミナルでもう一度 /usr/libexec/java_home -V を実行すると、確かに 1.8.0 から始まる行が追加されており、version 8 (たぶん 1.8) がインストールされたことが確認できる。

export JAVA_HOME=$ (/usr/libexec/java_home -v 1.8)



.bashrc にこの行を追加し (参考ページ)、source .bashrc を実行しても同じエラー。BEAST2 は Java のバージョンを 0 と認識してしまっている。

Linux の BEAST2 は、Java 1.8 をインストール後、パッケージを解凍してターミナルから実行するだけで動きそうである。


結局、CIPRES がベストか?

知人にインストールのことなどを話していたら、CIPRES という素晴らしいサイトがあると聞いた。アカウントを作って配列をサブミットすると、CIPRES のサーバーが系統樹を作って返してくれる。Bayesian tree ももちろん含まれていて、つまりソフトをインストールする必要がないということだ。

まだ完全に理解していないが、以下のような手順。

  1. まず ProtTest で最適な条件を決める。
  2. Bayesian だったら、4 本ぐらいパイプを通して、百万回ぐらい計算する。
  3. Fast Tree などで系統樹を描画する。

このページの更新はストップし、CIPRES で MrBayes を使う にベイズ法に関する内容をまとめていくことにする。


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References

  1. How to downgrade Java from 9 to 8 on a MACOS. Eclipse is not running with Java 9. Link: Last access 2018/03/08.