macOS Catalina へのアップデートの記録: 2020 年 1 月

UB3/informatics/mac/log_install_June2016

このページの最終更新日: 2020/02/14

  1. アップデートの概要
  2. ルートにフォルダを作るのは避けたい

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アップデートの概要: 2020 年 1 月

カタリナの大きな特徴の一つが、32 bit アプリをはじき出したこと。これに伴って EndNote を 8 から 9 に有償アップデートする必要があった。

まず、インストール時に TextWrangler が対応していないというエラーメッセージ。複数ファイルの一括置換は便利だったので、他の方法を探さなければならない。→ アップデート版の BBEdit で大丈夫そう。

シェルの更新

Terminal を最初に起動すると、以下のようなメッセージ。デフォルトのシェルが bash から zsh に変わる。両者の違いについてはネット情報がたくさんあるので、そちらを参照のこと (1,2 など)。いずれページを作ってまとめるかもしれない。いくつかのスクリプトは書き直すか、bash を使って実行しなければならないので面倒だが、これも時代の流れなので対応していくしかない。

The default interactive shell is now zsh.
To update your account to use zsh, please run `chsh -s /bin/zsh`.
For more details, please visit https://support.apple.com/kb/HT208050.


とりあえずは指示通りに chsh -s bin/zsh を実行する。 手持ちの bash スクリプトは大体動くようだ。

R というコマンドで R を起動しようとしたが、dyld: Library not loaded: /usr/local/opt/openblas/lib/libopenblasp-r0.3.7.dylib のようなエラーが出て成功しなかった。これは必要なライブラリが見つからないというエラーなので、ネットでは brew upgrade R が推奨されているが、それでも解決せず。brew reinstall R で解決した。


ルートにフォルダを作るのは避けたい

X code の更新

EMBOSS次世代シークエンス 解析のための SRA toolkit などのバイオインフォマティクス系のソフトは、/bio に入れていた。これは、EMBOSS をインストールするときのデフォルトのディレクトリが /bio/emboss なので、なんとなくここにまとめるのが良いような気がしていたため。

しかし、今回のアップデートでは /bio に入れていたバイオインフォ系のフォルダが Users/Shared/Relocated Items/ に移されてしまった。参照ライブラリの場所なども変わっている様子で、emboss なども動かない。

解決になるかわからないが、今後は root でなく ~/Documents などにまとめることにしたい。少なくとも /bio は深すぎて、普段からちょっと嫌な気がしていた。

EMBOSS の再インストールを試みるが、以下のコマンドが動かずエラーに。

sudo ./configure --prefix=/Users/**/Documents/bio/emboss
checking for gawk... no
checking for mawk... no
checking for nawk... no
checking for awk... awk
checking for icc... no
checking for gcc... gcc
checking whether the C compiler works... no
configure: error: in `/Users/**/Desktop/EMBOSS-6.6.0':
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details


よくわからないが、とりあえず XQuartz-2.7.11 を入れ直してみる。状況は変わらず。インストールされている Xcode を起動すると、additional component をインストールするかと聞かれるのでインストール。

which samtools をしてみたが、samtools もみつからない。とりあえず brew upgrade をかける。いろいろアップデートされるが、xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun というエラーが出るのが気になる。

さらに以下のメッセージ。

The bottle needs the Apple Command Line Tools to be installed.
You can install them, if desired, with:
xcode-select --install


どうも xcrun というところに問題がありそうだ。

とりあえず、指示に従い xcode-select --install を実行。これをすると、xcrun 関係のエラーが消え、brew install bowtie2, brew install samtools が動く。phython のインストール関係で、少しフォルダのパスの問題があるようだが、一応 install されたというメッセージが出て、python3 も起動可能。

emboss のインストールコマンド sudo ./configure --prefix=/Users/**/Documents/bio/emboss も OK になる。

sratoolkit 中の fastq-dump などを実行しようとすると macOS cannot verify that this app is free from malware というエラーが出て鬱陶しい。システム環境設定の Security & Privacy から許可を与える必要がある。この点さえクリアすれば、sratoolkit は ~/Documents から実行できる。


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References

  1. BashとZshの違いでのハマりどころ. Link: Last access 2020/02/02.

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