Homebrew:
Mac で使える便利なパッケージ管理システム
UB3/informatics/mac/homebrew
このページの最終更新日: 2023/10/04
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概要: Homebrew とは
Homebrew とは、Mac でさまざまなソフトウェアを簡単にインストール・管理するシステムである。Mac で バイオインフォマティクス をする人はまず Homebrew をインストールすると良いだろう。
少なくとも
- R: 著名な統計パッケージ
- シークエンス解析ツール: bowtie2, Samtools, seqkit, cap3
- MySQL: データベース
- MPI 環境、MrBayes、Figtree: 分子系統樹の作成など
- ImageMagick, InkScape: 画像形式の変換、ライブトレースなどができるようになる。
Homebrew の拡張版に brew cask というものがある。これについても、このページの下の方「brew cask とは」で解説している。
Homebrew のインストール
2023 年夏、以下のコマンドでインストール可能。Homebrew のページ を見るのが確実だろう。
インストール終了後、path を通す必要がある。Terminal に出てくる指示に従い、以下のコマンドを実行する。username の部分はコンピューターによって異なるので注意。
以下は古い情報だが、一応残しておく。
Homebrew は Ruby で書かれている (1)。したがってインストールのコマンドは ruby であり、以下のようになる。ターミナル 上で実行する。
2018 年 11 月、2019 年 10 月および 2020 年 3 月の時点では、Ref. 2 のサイトにある以下のコマンドが動いていた。
/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
初めて実行するときには、次のようなメッセージが出る。usr/local/bin はデフォルトのフォルダだと思っていたのだが、そうではないらしい。
==> This script will install:
/usr/local/bin/brew
/usr/local/share/doc/homebrew
/usr/local/share/man/man1/brew.1
/usr/local/share/zsh/site-functions/_brew
/usr/local/etc/bash_completion.d/brew
/usr/local/Homebrew
==> The following new directories will be created:
/usr/local/bin
/usr/local/etc
/usr/local/include
/usr/local/lib
/usr/local/sbin
/usr/local/share
/usr/local/var
/usr/local/opt
/usr/local/share/zsh
/usr/local/share/zsh/site-functions
/usr/local/var/homebrew
/usr/local/var/homebrew/linked
/usr/local/Cellar
/usr/local/Caskroom
/usr/local/Homebrew
/usr/local/Frameworks
==> The Xcode Command Line Tools will be installed.
Press RETURN to continue or any other key to abort
以下のコマンドは、以前は使えたと思うのだが、なぜか動作しなかった。
|
|
Homebrew でインストールしたコマンドは、自動的に bin に加わるようだ。つまり、単にターミナル上でタイプすれば動く。
Homebrew 関係の主要なコマンド
基本となる関数は brew である。
brew install |
brew install [package name] で、指定したパッケージをインストールする。 |
brew update |
手順書の更新 (1)。 |
brew upgrade |
更新があるパッケージを再ビルド (1)。 |
brew cleanup |
brew が管理している古いバージョンのソフトのキャッシュを削除する (3)。-s オプションをつけると、最新バージョンのキャッシュも削除する。 Ubuntu バージョンでは、`brew cleanup` has not been run in 30 days, running now... というメッセージとともに自動で実行されたことがあった。 |
brew test-bot |
Dependency breakage を自動でチェックする。 |
brew info |
実行すると 96 kegs, 49,993 files, 2.5GB のような値が返ってくる。brew によってインストールされたパッケージの情報と思われる。 |
brew list |
brew でインストールされているパッケージの一覧を表示する。 |
brew doctor |
brew に関係する問題を診断する。 |
brew tap |
"taps" allow you to extend the list of packages that you can install via homebrew. by "tapping" a repository you download (literally git clone) the repository locally (ref) |
brew cask とは
Homebrew はコマンドベースのパッケージをインストールするが、これを GUI アプリケーションまで拡張したのが brew cask である (4)。約 4000 のアプリケーションが管理されている (4)。
brew install --cask |
かつては brew cask install だった。 |
brew tap homebrew/cask でインストールできる。かつては brew tap caskroom/cask だったようだが、2023 年 9 月の時点で Error: caskroom/cask was moved. Tap homebrew/cask instead. というエラー。
Homebrew のエラーとその対処
パーミッション関係のエラー
メインユーザーで homebrew とそのパッケージをインストールし、他のユーザーでそれらを使おうとすると、パーミッションのエラーが出ることがある。大体は、brew doctor をかけてその指示に従うと解消できる。
brew update をすると、"Can't create update lock in /usr/local/var/homebrew" のエラー。Fix permissions by running: sudo chown -R $(whoami) /usr/local/var/homebrew というメッセージが続けて出るので、これを実行。このエラーは解消される。
Linux の Homebrew
Linux でも homebrew が使える。かつては linuxbrew という別のシステムだったのが、homebrew に統一されている模様。このページ にインストールのためのスクリプトがある。
Homebrew でインストールしたコマンドは、/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin というフォルダに行く。ここには自動でパスが通らないので、上記のページにある 4 行をコピペで実行する。2019 年 10 月の時点で、この 4 行を実行することで /home/linuxbrew/.linuxbrew/bin にパスが通った。
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References
- homebrewとは何者か。仕組みについて調べてみた。Link: Last access 2018/11/10.
- Homebrew: macOS 用パッケージマネージャー. Link: Last access 2018/11/10.
- brew cleanupでMacを掃除してストレージ容量を確保する方法. Link: Last access 2019/03/23.
- homebrew-caskって何？？？ Link: Last access 2019/10/25.
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