Homebrew:
Mac で使える便利なパッケージ管理システム

UB3/informatics/mac/homebrew

このページの最終更新日: 2021/06/18

  1. 概要: Homebrew とは
  2. Homebrew のインストール
  3. Homebrew 関係の主要なコマンド
    • brew cask とは
  4. Linux の Homebrew

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概要: Homebrew とは

Homebrew とは、Mac でさまざまなソフトウェアを簡単にインストール・管理するシステムである。Mac で バイオインフォマティクス をする人はまず Homebrew をインストールすると良いだろう。

少なくとも 以下のソフトウェアが Homebrew により簡単にインストールでき、使えるようになる

  • R: 著名な統計パッケージ
  • 次世代シークエンス解析ツール: bowtie2, Samtools, seqkit
  • MySQL: データベース
  • MPI 環境、MrBayes、Figtree: 分子系統樹の作成など
  • ImageMagick, InkScape: 画像形式の変換、ライブトレースなどができるようになる。

Homebrew の拡張版に brew cask というものがある。これについても、このページの下の方「brew cask とは」で解説している。


Homebrew のインストール

Homebrew は Ruby で書かれている (1)。したがってインストールのコマンドは ruby であり、以下のようになる。ターミナル 上で実行する。


2018 年 11 月、2019 年 10 月および 2020 年 3 月の時点で、Ref. 2 のサイトにある以下のコマンドが動くことを確認。


初めて実行するときには、次のようなメッセージが出る。usr/local/bin はデフォルトのフォルダだと思っていたのだが、そうではないらしい。

==> This script will install:
/usr/local/bin/brew
/usr/local/share/doc/homebrew
/usr/local/share/man/man1/brew.1
/usr/local/share/zsh/site-functions/_brew
/usr/local/etc/bash_completion.d/brew
/usr/local/Homebrew

==> The following new directories will be created:
/usr/local/bin
/usr/local/etc
/usr/local/include
/usr/local/lib
/usr/local/sbin
/usr/local/share
/usr/local/var
/usr/local/opt
/usr/local/share/zsh
/usr/local/share/zsh/site-functions
/usr/local/var/homebrew
/usr/local/var/homebrew/linked
/usr/local/Cellar
/usr/local/Caskroom
/usr/local/Homebrew
/usr/local/Frameworks

==> The Xcode Command Line Tools will be installed.
Press RETURN to continue or any other key to abort

以下のコマンドは、以前は使えたと思うのだが、なぜか動作しなかった。

$ ruby -e "$(curl -fsS http://gist.github.com/raw/323731/install_homebrew.rb)”


Homebrew でインストールしたコマンドは、自動的に bin に加わるようだ。つまり、単にターミナル上でタイプすれば動く。


Homebrew 関係の主要なコマンド

基本となるコマンドは brew である。

brew install

brew install packagename で、指定したパッケージをインストールする。

brew update

手順書の更新 (1)。

brew upgrade

更新があるパッケージを再ビルド (1)。

brew cleanup

brew が管理している古いバージョンのソフトのキャッシュを削除する (3)。-s オプションをつけると、最新バージョンのキャッシュも削除する。

Ubuntu バージョンでは、`brew cleanup` has not been run in 30 days, running now... というメッセージとともに自動で実行されたことがあった。

brew test-bot

Dependency breakage を自動でチェックする。


brew cask とは

Homebrew はコマンドベースのパッケージをインストールするが、これを GUI アプリケーションまで拡張したのが brew cask である (4)。約 4000 のアプリケーションが管理されている (4)。

brew cask install


Linux の Homebrew

Linux でも homebrew が使える。かつては linuxbrew という別のシステムだったのが、homebrew に統一されている模様。このページ にインストールのためのスクリプトがある。

Homebrew でインストールしたコマンドは、/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin というフォルダに行く。ここには自動でパスが通らないので、上記のページにある 4 行をコピペで実行する。2019 年 10 月の時点で、この 4 行を実行することで /home/linuxbrew/.linuxbrew/bin にパスが通った。


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References

  1. homebrewとは何者か。仕組みについて調べてみた。Link: Last access 2018/11/10.
  2. Homebrew: macOS 用パッケージマネージャー. Link: Last access 2018/11/10.
  3. brew cleanupでMacを掃除してストレージ容量を確保する方法. Link: Last access 2019/03/23.
  4. homebrew-caskって何??? Link: Last access 2019/10/25.

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