予測
Prediction

予測精度のみを問題にするというアプローチ。この目的で行う場合、交絡 confounding、多重共線性、各回帰係数が有意であるかどうかは、原則として問題にならない。

説明
Explanation

中途半端な立場で、予測と言っておきながら因果についても議論したい場合。機械学習系の人は認めない傾向がある。

因果推論
Causal inference

因果関係まで議論したい場合。サンプルの取り方から検討する必要がある。

理想だが不可能

「全く同じ条件 (同一個体、同一条件)」において、A があるときに B、A がないときに C という結果が得られたら、B と C の違いが A で説明できる (A が原因である) ことになる。

タイムマシンを使ったり、完全に同一のパラレルワールドを行き来できたりする場合にのみ可能になる。

ランダム化比較実験

Randomized Controlled Trial (RCT) と呼ばれる。一般的な生物学的実験の手法だろう。グループを使って比較する。

グループ 1 には条件 A として薬などを与え (「介入」と呼ばれる)、その結果として B というデータが得られる。

グループ 2 には条件 A を与えず、C という結果がえられる。グループ 1 と 2 が十分にランダム化されている (均質とみなせる) 場合、A が原因であると言える。問題は、グループ 1 と 2 が本当にランダム化されているかどうか確認する手法がないことである。

回帰不連続デザイン

Regression discontinuity (RD) デザイン。2 つのグループを作って実験をするわけでなく、既存のデータを分析する手法。自然に介入が発生したとして、その前後を比較する。

線形単回帰

Y = aX + b というシンプルな回帰。

線形回帰を行うにはいくつかの条件があり、それを判定する方法もある (参考)。

R の lm 関数による回帰分析 に、線形の単回帰および重回帰の方法が書かれている。

重回帰

Y = aX₁ + bX₂... のように、複数の説明変数 X を利用した回帰。Multiple regression。線形も非線形も可能である。

X をいくつまで含められるかは当然ケースバイケースであるが、回帰分析: データ数および因子数は何個まで含められるのか のページに詳細をまとめた。

説明因子の間に相関があると、多重共線性といって回帰係数が大きく不安定になる問題が生じる。

非線形回帰

説明変数の数でなく、フィットする関数による言い方である。R では nls 関数を用いる。まず数式を指定してから、データを指定。どのモデルにあてはめるか、どのような値を初期値とするかは、データ解析者の経験と勘に頼るものらしい (参考)。

SMA 回帰
RMA 回帰

シンプルな線形単回帰が適当でない場合には、II 型の回帰分析というものがある (Ref)。Standard major axis regression (SMA) または reduced major axis regression (RMA) とも呼ばれる。線形回帰は X や Y に誤差がある場合には適当でなく、X と Y の両方が測定値である場合などには II 型が適している。

ロジスティック回帰

応答変数 Y がカテゴリー変数の場合、ロジスティック回帰と呼ばれる。

Y が A であるか否か (つまり Y = A が TRUE か FALSE か) を説明しようとする分析である。参考: R glm() 関数を用いたロジスティック回帰

主成分回帰 PCR

主成分分析 のようなアイディア。説明変数 X の数が多い場合、それらを主成分に変換して回帰する。主成分は互いに独立なので、多重共線性の問題は生じない。

複数の X を扱うので、重回帰の一種と言える。

部分最小二乗回帰 PLS

説明変数を互いに独立な潜在変数に投影し、それらを回帰する。これも重回帰の一種である。

正則化回帰

上の 2 つ (PCR, PLS) は説明変数を減らすための手法であるが、正則化回帰は同じ問題に説明変数を減らさずに対処する。データにノイズを入れて overfitting を回避しつつ、回帰係数が大きくなることに対してペナルティを与える。詳細はリンク先を参照のこと。

マルチレベル分析

複数のレベルで変化するパラメータに対する統計モデル。たとえば、サンプルが全体として負の相関を示しているが、実はサンプルはいくつかのグループから構成されており、グループごとに相関が異なる場合などは、マルチレベル分析が適している。

生存時間解析 について平易に書いた数少ない解説書。

統計のなかでも、生存時間解析はそれだけで 1 冊の本になるほど複雑なわりに、ANOVAや t 検定などと違い使用頻度が低いため、とっつきにくい検定である。

この本では、とくに Kalpan-Meier 生存曲線、Log-rank 検定、Cox 比例ハザードモデルを重点的に解説しているが、prospective study と retrospective study, 選択バイアス、プラセボなど、臨床統計実験で重要な概念についても詳しい説明がある。基礎生物学の実験ではあまり意識しない重要な点であるので押さえておきたい。