Mac ターミナル:
初心者向け使い方、コマンド一覧、ショートカットなど

UB3/informatics/mac/terminal

このページの最終更新日: 2021/06/18


このページにあるのは Mac OSX Sierra での使い方ですが、他のバージョンでもほとんど変わらないはずです。

  1. 概要と基本的な使い方
    • カレントディレクトリ
    • root や home にある項目
    • ./ の使い方

  2. ショートカット
  3. 文字列操作のコマンド
  4. ユーティリティー的なコマンド

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概要と基本的な使い方

Mac でターミナルというソフトを立ち上げると、次のような画面が現れるはずである (3)。ただし、テキストは 1 行か 2 行ぐらいで、初めて立ち上げるなら白地に黒の文字かもしれない。


カレントディレクトリ

ターミナルでは、まず自分が現在いる場所 (カレントディレクトリ) を認識する必要がある。もし Ashley というユーザー名で Mac にログインしているなら、ターミナルを立ち上げたときに

iMac:~ Ashley$

のように表示されているはずである。iMac はパソコンの名前、~ があなたが現在いる場所、Ashley はユーザー名、$ は「コマンドを打って下さい」の記号である。現在の場所が記号なのでわかりにくいが、記号で表されるのは次の 2 種類だけなので、ここで覚えてしまおう。

~

ホームフォルダを示す。ホームフォルダというのは家のアイコンで表されるフォルダで、この中に Desktop、Download などのフォルダがある。

/

スラッシュは Mac の最上位の階層で、root と呼ばれる。Finder 上では Macintosh HD である。中には Applications, Library, Users などのフォルダがある。

その他、主なフォルダをリストにしておく (4)。Linux を使っているなら、それぞれを パーティション に分けることもよく行われる。

  • /bin は、現在では基本的に usr/bin へのショートカットになっている。基本的なコマンドが格納されるフォルダ。
  • /boot には、システムの立ち上げに必要なカーネルが入っている。
  • /dev 各種のデバイスを管理するために必要なフォルダ。
  • /etc 各種の設定ファイルが設置される。
  • /home 一般ユーザーのデータが保存されるフォルダ。
  • /tmp 一時データ保存用。
  • /var ログなどが設置される。

ここから、まず

iMac:~ Ashley$ ls

としてリターンキーを押してみよう。

Applications    Desktop    Download    

などのように、ホームフォルダの内容が表示されるだろう。つまり ls というのが「フォルダの中身を表示するコマンド」である。

ターミナルでは、基本的にこのようにコマンドを駆使して作業を行う。上手にコマンドを使うことによって、Mac に高度な作業をさせることが可能になるのである。

次に、

iMac:~ Ashley$ cd Desktop

と打ってみよう。cd は場所を移動するコマンドである。このコマンドを実行することにより ~ から Desktop に移動するので、

iMac:Desktop Ashley$

となるはずである。カレントディレクトリがデスクトップに移り、次のコマンドを待機している状態である。ここで ls をもう一度実行すると、今度はデスクトップにあるファイルおよびフォルダの一覧が表示されるはずである。


home や root にある項目

Mac のホームフォルダ ~ には、次のようなフォルダやファイルがある。もちろん人によって違うので、重要な意味をもつ項目のみをピックアップしている。

ドットで始まるファイルは隠しファイルなので Finder では見ることができず、ls でもオプションをつけて ls -a としなければ見えない。

基本フォルダ

アプリを格納した Applications のほか、デスクトップ、Documents, Movies, Music, Pictures, Public などの基本的なフォルダがある。

Library は、各種の設定ファイルを集めたフォルダである。

.bashrc

ターミナルを起動したときに、このファイルに書き込まれた情報に従い、環境変数などが自動で設定される (2)。

path を通す ときに編集することになる。自分で作っていなければ存在しないファイルなので、なくても焦らないこと。

.bash_history

ターミナルのログが記載されている。

.Trash

「ゴミ箱」は、ホームフォルダに不可視フォルダとして存在する。


Mac の root には、次のようなフォルダやファイルがある。通常、root レベルにある項目をいじることはあまりないので、ほとんどの Mac で同じ項目が並ぶはずである。

bin

bin の中には、cat や ls などの基本的なコマンドが格納されている。

Volumes

外付け HDD などがこのフォルダに含まれる。



./ に関するメモ

./ (ドット + スラッシュ) は、カレントディレクトリを表す。cap3 のインストールのときに迷った。cap3 は Finder 上で解凍したフォルダにインストールされるが、単に cap3 というコマンドを打つと、ターミナルは一般のコマンドが格納されている usr/bin からプログラムを実行しようとしてしまい、エラーになる。

このときは ./cap3 とすることで、カレントディレクトリにある cap3 を走らせるという命令になる。パスを通す 作業を行えば、これは不要になる。


ショートカット

  • ターミナルの過去の文字 (スクロールバッファ) を消したい → Command + K
  • ターミナルで進行中の作業を強制終了→ Command + C

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よく使うシェルコマンド一覧

  • 多くのコマンドは、Mac のターミナルと Linux で共通。
  • Mac, Win のコマンド対照表 も参照のこと。
  • オプションなどは、リンク先のコマンドのページにあります。

フォルダ・ファイル操作のコマンド

basename フルパスからパスを除き、ファイル名のみを取得する。ファイル名を拡張子なしでリストにするときに使用。参考ページ
cd 他のディレクトリに移動する。
cat ファイル結合したり、ファイルの中身を見たりする。
diff ファイルやフォルダの内容を比較し、差分を表示する。
find 特定の規則に従ってファイルを検索する。
less ファイルの内容を見る。
rm ファイルを削除する。Windows では del。
rmdir

フォルダを削除する。ただし、このコマンドを覚えるよりも rm に -r オプションを付けることに慣れておく方がよい。rmdir は空のフォルダの削除のみだが、rm -r はフォルダの中身ごと全て削除する。rm -r の方が使う機会が多いだろう。

mv ファイルを移動する。
rename ファイル名を一括で変更する。
setfile

setfile -d "MM/DD/YYYY" filename でファイルの作成日時を変更。-m オプションで最終更新日時を変更。

split ファイル分割。
  • split -d 100000 filename なら 100 kB ごとに分割。
  • -l なら行数指定で、-l 2 なら 2 行ずつに分割する。
sh, bash, zsh

.sh などのファイルを実行する。

  • -x オプションで、実際に実行されたコマンドを表示できる。
  • -v オプションで、これから実行するコマンドを表示できる。
  • --version でバージョンチェック
tar

.tar という拡張子のアーカイブファイルを作成または展開する。アーカイブのみで圧縮はしないが、オプションをつけることで圧縮も可能。この場合、拡張子は .tar.gz または .tgz になる。

  • tar -czvf filenames で、アーカイブの作成と gzip 形式の圧縮
  • tar -xzvf filename で、gzip 形式の圧縮ファイルを展開
gzip
gunzip

ファイルを圧縮 gzip または解凍 gunzip する。gzip filename のように使う。

LZ77 というアルゴリズムが使われ、拡張子は .gz となる。ゲノムデータは .fna.gz という圧縮ファイルであることが多いので、バイオインフォマティクスでは汎用される。

convert

ImageMagick パッケージのコマンド。画像形式を変えたり、pdf ファイルを一つにまとめたりできる。


変数・文字列操作のコマンド

ファイルではなく、その中の文字列に関するコマンド。

grep 特定にパターンにマッチする行の検索、抽出など
echo echo に続く言葉を繰り返すが、それだけではない。
wc

行数、単語数、バイト数を表示。実際は行数ではなく改行コードの数を数えているようで、末尾に改行コードがない場合は 1 行少なく表示される。

単語はスペース区切りで認識する。テキストファイルの単語数をチェックする場合、経験的に Word の単語数カウントと極めて近い数になる。Word を立ち上げるよりこっちの方が早くて便利。

sort

ファイル内の文字列をソートする。使えるオプションは、例えば以下のもの。

  • -b : 行の最初にあるスペースを無視する
  • -n : 数字の順にソートする。このオプションをつけないと、例えば 1 の次に 10、その次に 100 がきてしまう。
  • -r : 降順にソートする。
  • -o : アウトプットファイルを指定。
uniq ファイル内の重複行を表示または削除。ただし sort 後に。
cut 特定の文字で区切られた部分を抽出する。
vi vi エディタを起動する。
awk スペースを区切り文字と認識し、各行を指定通りに処理する。
od od -c xyz.txt | less で 改行コード を調べられる。
tr

置換のコマンド。echo KOTATSU | tr '[:upper:]' '[:lower:]' のようにして大文字・小文字を一括変換することも可能 (Ref)。

read

ユーザーが入力した文字列を変数として格納するコマンド (Ref)。sh ファイル中で read abc とすると、ユーザー入力を abc という変数に保存できる。echo $abc でその内容を出力できる。


ユーティリティー的なコマンド

script ターミナルのログをとる。exit で終了する。
ls ディレクトリにあるファイルの一覧を取得。
clear 画面をクリアする。実際はたくさん改行を入れているだけ。
open ファイルを開く。open . で現在のディレクトリを Finder 表示。
pwd 現在のパスを表示。
which プログラムのパス (場所) を表示。→ パスを通す
top システムモニタ。q で終了する。
setfile ファイルの作成日時を変更する。
chmod

chmod 777 file のようにしてパーミッションを変更。パーミッションに関する説明もリンク先にあります。

man ファイルの説明を表示する。q で終了。
source Terminal 起動後 source .bashrc でコマンド検索パス追加 → パスを通す
ln シンボリックリンクを張る。
java java -version で Java のバージョンをチェックできる。
reboot 再起動をかける。
shutdown sudo shutdown -r now でシステム終了と再起動。
softwareupdate sudo softwareupdate --list でソフトウェアをアップデート。

ネットワーク関連のコマンド

nslookup

DNA サーバで名前解決。ドメイン名から IP アドレスを得るなど。

nslookup ultrabem.com とすると、まず 192.168.0.1 というアドレスが見える。これはルーターのアドレス。3 つの ub はアドレスが 183.90.240.19 で同一である。このことから、同じサーバー上にあると言っていいのだろうか。

dig
host

研究関連のコマンド

コンピューター解析を多用した生物の研究は、一般にバイオインフォマティクス bioinformatics と呼ばれています。この研究の過程でよく使うコマンド。

brew

seqkit
seqret
blast 系 詳細は Mac の local blast のページを参照。
xcode

コマンドラインからの Xcode のアップデートはできないようだ。というか、消して再インストールするものらしい。

sudo rm -rf /Library/Developer/CommandLineTools
xcode-select --install



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References

  1. 今さら聞けない!ターミナルの使い方. Link: Last access 2017/10/29.
  2. Mac (OSX) で .bashrc を編集する. Link: Last access 2018/02/02.
  3. By Gortu at English Wikipedia - Transferred from en.wikipedia to Commons., Public Domain, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=39206077

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2019-07-30 20:31:42.982210

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