Colv, Rowv

Colv = NA で列をクラスタリングしなくなる。行のクラスタリング解除は Rowv = NA である。

scale

scale = c("row/column/none") で、行ごと、列ごとの色の設定などを指定。

クラスタリング

• cluster_cols = TRUE または FALSE
• cluster_rows = TRUE または FALSE

行列の名前、位置

• show_rownames: TRUE または FALSE
• show_colnames: TRUE または FALSE

残念ながら、row names を左に置くためのオプションはない。不可能ではない。また、ComplexHeatmap::pheatmap という関数を使えば、ComplexHeatmap のオプションを使いつつ pheatmap の色にできるようだ。

クラスタリング

• cluster_columns = TRUE または FALSE
• cluster_rows = TRUE または FALSE
• show_column_dend = TRUE または FALSE
• show_row_dend = TRUE または FALSE

また、hclust 関数などで既にクラスタリングが完了していれば、それを変数として読み込むことができる。

clustering <- hclust(data, method="average")
Heatmap(mat, cluster_columns = clustering)

行列の名前、位置

• show_row_names: TRUE または FALSE
• show_column_names: TRUE または FALSE
• row_names_side = "left" または "right"
• column_names_side: "top" または "bottom"
• row_title = c("文字列") でタイトル指定
• column_title = c("文字列") でタイトル指定

デンドログラム表示、位置

• show_row_dend: TRUE または FALSE
• show_column_dend: TRUE または FALSE
• row_dend_side = "left" または "right"
• column_dend_side: "top" または "bottom"

ヒートマップの split

ヒートマップに切れ目を入れる。

• row_km, column_km: 数字を指定して、ブロックの数を決める。k-means 法によってクラスタリングされる。
• row_km_repeats, column_km_repeats: 1 以外の数字を指定する。row_km, column_km には乱数が使われているので、同じクラスタリングが再現されないことがある。これを防ぐために数値を設定する。
• row_split = 2, column_split = 3 のように数字を指定して、デンドログラムに従って split が可能。

na_col

この関数は、NA があってもクラスタリングをすることができる (4)。ただし、距離行列を計算することができない場合にはクラスタリングできない (参考)。全て NA の列があったりすると、距離行列は計算できない。

Hclust という関数をクラスタリングに使っているので、これは Hclust の特徴と思われる。

name

name = "parameter" のようにして、legend の名前を決める。

cell_fun

定めた関数に応じて、それぞれのセルにグラフィックを追加する。有意なセルにアスタリスクを表示させるのはよくある表現法である。方法は このページ や文献 4 の cell_fun の項目に書かれている。

cell_fun = function(j, i, x, y, width, height, fill) { if(mat[i, j] < 0.05) {grid.text("*", x, y)} # grid.text(sprintf("%.1f", mat[i, j]), x, y, gp = gpar(fontsize = 10)) }