Mac でベイズ法の系統樹を作る:
BEAST2 のインストールと使い方
informatics/bioinformatics/tree_make_beast2_mac
2018/10/24 更新
- Mac への BEAST2 のインストール
- Java version 8 のインストール
- 結局、CIPRES がベストか?
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Mac への BEAST2 のインストール
Mac は OS High Sierra、BEAST2 は Mac version 2.4.8、インストールと系統樹作成は 2018 年 3 月。
ターミナルを使うので、慣れていない人は以下のページも参考になるだろう。
- 系統樹の基礎
- Unix/Linux コマンドの基礎: Mac terminal、コマンド一覧 などを参考に。
Java version 8 インストール
BEAST2 のページからダウンロード。アプリケーションフォルダにドラッグするタイプの簡単なインストール。立ち上げると Java version 8 が必要と言われた。java.com からインストールしようとしたところ、Java version 9 が既に Mac にあるというメッセージ。BEAST2 がこれに対応していないものと思われた。
このときのファイルは jre-8u161-macosx-x64。下記の jdk-8u161-macosx-x64 とどう違うのか、よくわからない。
ネットで見てみると、同じ問題を抱えている人がいるようである。Java をダウングレードする、単に古いバージョンの Java をデフォルトに指定するなどの方法があるようだ (1)。
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を実行してみると、Java SE 6 というのがインストールされているようである。Java SE と Java が違うのかどうかもよくわからない。
再インストールが簡単そうだったので、oracle から Java 8 をダウンロード。jdk-8u161-macosx-x64 というファイル。こちらは、「version 9 が既にある」などと言われることなく、普通にインストールが可能だった。
ターミナルでもう一度
export JAVA_HOME=$ (/usr/libexec/java_home -v 1.8) |
.bashrc にこの行を追加し (参考ページ)、source .bashrc を実行しても同じエラー。BEAST2 は Java のバージョンを 0 と認識してしまっている。
Linux の BEAST2 は、Java 1.8 をインストール後、パッケージを解凍してターミナルから実行するだけで動きそうである。
結局、CIPRES がベストか?
知人にインストールのことなどを話していたら、CIPRES という素晴らしいサイトがあると聞いた。アカウントを作って配列をサブミットすると、CIPRES のサーバーが系統樹を作って返してくれる。Bayesian tree ももちろん含まれていて、つまりソフトをインストールする必要がないということだ。
まだ完全に理解していないが、以下のような手順。
- まず ProtTest で最適な条件を決める。
- Bayesian だったら、4 本ぐらいパイプを通して、百万回ぐらい計算する。
- Fast Tree などで系統樹を描画する。
このページの更新はストップし、CIPRES で MrBayes を使う にベイズ法に関する内容をまとめていくことにする。
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References
- How to downgrade Java from 9 to 8 on a MACOS. Eclipse is not running with Java 9. Link: Last access 2018/03/08.