R: ヒートマップから特定のクラスターを取り出す
UB3/informatics/r/heatmap_cluster_extract
このページの最終更新日: 2022/05/21- ヒートマップの特定のクラスターを取り出す: heatmap.2 関数
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ヒートマップの特定のクラスターを取り出すには
下にあるような、値を色の違いで表した図をヒートマップ heatmap という (図は Public domain)。ヒートマップを作る際には、データを並べ替えるクラスタリング clustering も同時に行われることが多い。下の図では、X および Y の 2 つの軸でクラスタリングが行われている。

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研究の過程で、ヒートマップを作成した後に特定のクラスターを取り出したいケースがあった。データ数が少なければ手動でできるのだが、非常に多くて行の文字が見えないような状態だったので、R を使って取り出す必要があった。そのときのメモ。
あまりネットに情報がないが、役に立ったのは このページ。heatmap.2 を使うが、クラスター解析には hclust という別の関数を使う。hclust の結果を row_clust という変数に保存して、それを使って heatmap.2 でヒートマップを書き、また row_clust から直接クラスターを取り出している。
mat というのがデータを含む行列で、スクリプトはこんな感じ。heatmap.2 を使っているので、gplots ライブラリが必要。
# まず変数を row_clust として保存。
# クラスタリングに row_clust を as.dendrogram で使用している。
これとは別に、plot で直接 dendrogram を作成。クラスターの指定は、cutree を使って k でクラスターの数を指定する。
または、h でカットオフ値を指定する。こっちの方が、abline でカットオフの場所を視覚化できるので好みである。
table を使って、各クラスターに含まれる要素の数を見ることができる。
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