1. 概要: ヒートマップのクラスタリング
   • デフォルトのクラスタリング
   • 他の関数で行ったクラスタリングの読み込み
   • k-means 法によるクラスタリング
2. ヒートマップの分割
   • デンドログラムに従って分割
   • マニュアルで分割

概要: ヒートマップのクラスタリング

R の ComplexHeatmap というパッケージで、ヒートマップのクラスタリングや分割を行う方法についてまとめた。

デフォルトのクラスタリング

• cluster_columns = TRUE または FALSE
• cluster_rows = TRUE または FALSE
• show_column_dend = TRUE または FALSE
• show_row_dend = TRUE または FALSE

他の関数で行ったクラスタリングの読み込み

hclust 関数などで既にクラスタリングが完了していれば、それを変数として読み込むことができる。

clustering <- hclust(data, method="average")
Heatmap(mat, cluster_columns = clustering)

k-means 法によるクラスタリング

• row_km, column_km: 数字を指定して、ブロックの数を決める。k-means 法によってクラスタリングされる。
• row_km_repeats, column_km_repeats: 1 以外の数字を指定する。row_km, column_km には乱数が使われているので、同じクラスタリングが再現されないことがある。これを防ぐために数値を設定する。
• さらに、set.seed(123) のようにしてシード値を指定。row または column_repeat と sed.seed を両方設定して、km clustering が再現されるようになる。set.seed は、ヒートマップを作成するたびに毎回実行しなければならないようだ。

ヒートマップの分割

デンドログラムに従って分割

row_split = 2, column_split = 3 のように数字を指定して、デンドログラムに従って split が可能。width を使って複数のヒートマップを並べているときは、すべてがメインのヒートマップに従って分割される。

マニュアルで分割

このデータセットは 32 行ある。これをマニュアルで分割したいときは、A が 10 個、B が 22 個のベクターを作って、それを split で参照すると分割可能。

A, B という文字が表示されてしまうが、これは row title に相当するので、row_title = " " と追加すれば表示されなくなる。

クラスタリングを入れると、まず分割され、それぞれのブロックの中でクラスタリングされるようである。

単に A - D のようにグループを増やせば、3 個以上に分割できる。

クラスタリングを入れると、まず分割され、それぞれのブロックの中でクラスタリングされるようである。

References

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