R の概要と目次

informatics/r/r_overview
R に関する上位のページです。
内容が増えてきたら目次ページを作ります。
2018/11/09 更新

  1. R に関係するページの一覧
  2. Mac への R のインストールと基本的な使い方
    • 作業ディレクトリの設定
  3. R コマンドのメモ
    • システム系コマンド
    • オブジェクト操作のコマンド

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R に関係するページの一覧

十分な数のページを作るまで、このページに R 関係の目次を載せておきます。順番に読むと理解が深まるように並べてあります。情報科学の目次 にも目次がありますが、こちらの目次の方が詳細です。

R では、データは オブジェクト と呼ばれ、様々な「型」をもちます。ややこしい概念なので、この概要のページを読んだ後は、まず 1 番のページでこの「型」の理解から始めるのが良いと思います。


  1. R オブジェクトデータ型の一覧: 基本型、モード型、クラス型
  2. データフレームの取り扱い: データ形式の一つ、データフレームについて

このサイトには統計のページもあり、以下の検定については R を使った実際の検定方法を紹介しています。


Mac への R のインストールと基本的な使い方

2018 年 9 月に、新しい Mac で R をセットアップしたときの記録。OS は High Sierra、R のバージョンは 3.5.1。

Terminal を使えるなら、R は Homebrew からインストールすることができる。Ref. 1の通りに進めるが、brew tap homebrew/science は homebrew/science was deprecated. This tap is now empty as all its formulae were migrated. というエラーが。

brew install Caskroom/cask/xquartz および brew install r はうまく動き、R がインストールされた。開発環境の RStudio はインストールしなかった。

起動時には、ターミナルで r とすればよい。


作業ディレクトリの設定

R には Working directory という概念がある。R を起動したときに自分がどの場所に行くのかは、環境設定の Working directory のところで設定することができる。

Working directory を変更したいときは、

setwd()

で括弧内にファイルパスを入れればよい。おそらく "" でパスを囲む必要がある。C ドライブでなくても、問題なくワーキングディレクトリに設定できるようだ。


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R コマンドのメモ

システム系コマンド

パッケージ、作業ディレクトリ、および R のオブジェクトではない一般的なファイルの操作に関するコマンド。

sessionInfo() 現在の使用環境を表示する。
getwd() 作業ディレクトリを表示。現在のパスと考えて良い。
setwd() 作業ディレクトリを指定する。
ls() Mac の ls と同様、ワークスペース内のオブジェクト一覧を表示。
list.files()

作業ディレクトリには、R のデータであるオブジェクト以外のファイルもある。それらの一覧を表示。file 操作に関係するコマンドも一覧にしておく。


  • file.path ('a.txt'): a.txt というファイルのパスを表示
  • file.info ('a.txt'): ファイル情報を表示
  • file.create ('a.txt'): a という名前のファイルを作る
library()

どのようなパッケージが用意されているかを見る。

library(パッケージ名): たとえば library(outliers) で、outliers という名前のパッケージを呼び出す。

install.packages()

パッケージをインストールする。

パッケージ名の指定には ' ' が必要である。つまり seqinr というパッケージをインストールするには install.packages('seqinr') とする。

msa というパッケージは例外で、次のコマンドを実行する (3)。しかし R 3.5 では動かないようである。

quit() R を終了する。

コマンドラインからパッケージをインストールしたいときは、次の手順になる。

  • CRAN からパッケージを .tar などの形でダウンロードする。
  • それを解凍すると、multcomp などといったパッケージ名のフォルダができる。
  • この状態で、ターミナルで R CMD INSTALL パッケージ名とする。sudo 権限が必要かもしれない。

オブジェクト操作のコマンド

c

A=c(1,2,3,4,5) のようにして、オブジェクト A に 1-5 を入れる。A は 1 次元のベクトルになる。

mode(A) オブジェクト A のモードを表示する。データ型 を参照。
rm(A) オブジェクト A を削除する。
summary(A) オブジェクト A のサマリーを表示する。平均値、標準偏差など。
plot(A) オブジェクト A の散布図を描画する。
boxplot(A) オブジェクト A の箱ひげ図を描画する。
hist(A) オブジェクト A のヒストグラムを表示。
t.test(A, B) ベクトル A, B に対して t 検定 をかける。
grubbs.test(A) オブジェクト A に対して外れ値の検定 Grubbs test をかける。

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References

  1. Mac OSにRをインストールする. Link: Last access 2018/09/20.
  2. ベクトル、行列、データフレーム、リスト、配列、テーブルの違い. Link: Last access 2018/09/20.
  3. Bonatesta et al. 2018a. msa An R Package for Multiple Sequence Alignment. Pdf file.