1. 概要: seqret とは
2. 特定の塩基配列を取り出す
3. fastq ファイルを fasta ファイルに変換する

概要: seqret とは

seqret は EMBOSS のコマンドの一つで、fasta file を扱うためのプログラム。その過程で一部の配列を選んだり、フォーマットを変えたり、reverse complement にしたりできる。

seqkit という stand alone のスクリプトにも似ているようだ。

特定の塩基配列を取り出す

seqret -sequence original.fa -outseq result.fa -sbegin 1 -send 100

original.fa という fasta file の 1 から 100 番目の塩基が result.fa として保存される。

fastq ファイルを fasta ファイルに変換する

seqret -sequence reads.fastq -outseq reads.fasta

単に拡張子で指定すれば良いようだ (1)。

References

1. Converting FASTQ format to FASTA. Link: Last access 2020/09/03.

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