bowtie2: Ubuntu へのインストール、使い方

informatics/bioinformatics/bowtie2_linux
2018/02/25 更新


基本的には Mac をバイオインフォマティクスに使っているので、Mac への bowtie2 のインストール がメインのページです。

ここでは、Linux Ubuntu 16.04 に bowtie2-2.3.4.1 をインストールしたときのことをメモしています。リンク先は 2018 年 2 月に確認しています。


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bowtie2 ダウンロードと Linuxbrew のインストール

次世代シークエンス で得られるリードを、リファレンスに対してマッピングするため、Linux にも bowtie2 をインストール。

このページに書いてあることがわかりにくい場合は、以下のリンク先が参考になります。

  1. Mac の概要
  2. ターミナルの使い方
  3. シェルスクリプトと vi エディタ
  4. 次世代シークエンス

Ubuntuへのインストール ダウンロードして、Home/Bioinfo_software にフォルダを入れる。このままとりあえず実行すると、Mac のときと同じエラーが出る。

File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 711, in __init__errread, errwrite

などを含む数行のエラーメッセージ。Mac の Homebrew に相当する Linuxbrew を入れる。

このページ に従って進める。最初の preparation のところで、sudo が 2 つあるのはミスと考え、以下のコマンドを順に実行。

$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get upgrade -y
$ sudo apt-get install -y build-essential make cmake scons curl git \
   ruby autoconf automake autoconf-archive \
   gettext libtool flex bison \
   libbz2-dev libcurl4-openssl-dev \
   libexpat-dev libncurses-dev

$ git clone https://github.com/Homebrew/linuxbrew.git ~/.linuxbrew



.bashrc の編集

Mac では .bashrc は作らないとなかったのだが、ここではかなり色々と書き込まれたファイルがホームフォルダにある。

# Until LinuxBrew is fixed, the following is required.
# See: https://github.com/Homebrew/linuxbrew/issues/47
export PKG_CONFIG_PATH=/usr/local/lib/pkgconfig:/usr/local/lib64/pkgconfig:/usr/lib64/pkgconfig:/usr/lib/pkgconfig:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/pkgconfig:/usr/lib64/pkgconfig:/usr/share/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH

## Setup linux brew
export LINUXBREWHOME=$HOME/.linuxbrew
export PATH=$LINUXBREWHOME/bin:$PATH
export MANPATH=$LINUXBREWHOME/man:$MANPATH
export PKG_CONFIG_PATH=$LINUXBREWHOME/lib64/pkgconfig:$LINUXBREWHOME/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH export LD_LIBRARY_PATH=$LINUXBREWHOME/lib64:$LINUXBREWHOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH


ボックスの部分を末尾に追加するのだが、これは o をタイプしてから書き始めなければいけない。現在の行の下に 1 行挿入し、追加するコマンドである。そうでないと、もともとの .bashrc の最後の文字、たぶんfiを消して挿入するモードになっていたりする。

すると、viエディタのダメさ加減もあり、.bashrc を変なふうに編集してしまう可能性がある。.bashrcが正しくないと、ターミナルの起動時に .bashrc: line ***: syntax error: unexpected end of file というエラーに遭遇する。

幸い、.bashrcは /etc/skel/ というフォルダにバックアップ?のためかファイルがあるので、ここからコピーしてリカバリーすることができる。

/bin/cp /etc/skel/.bashrc ~/


以上が成功していれば、ターミナルを立ち上げなおしたときにエラーが出ない。また、which brew で /home/ubuntu/.linuxbrew/bin/brew のように brew のインストールも確認できる。

brew install hello として、hello がインストールされれば、実際に動くことも確認できる。


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bowtie2 のインストール

続いて bowtie2 のフォルダに移動して make を実行する。これは、単に何もオプションをつけずに

make

でよい。ここで zlib.h: No such file or directory などのエラーが出てしまったので、このメッセージでググり

sudo apt-get install libtbb-dev
sudo apt-get install libz-dev


とする。これで make が成功し、bowtie2 が動くようになる。


マッピング

Mac の シェルスクリプト (拡張子 .sh) が動く。

実際に解析を行うため、sra-toolkit と samtools をインストールする。

sudo apt-get install sra-toolkit
sudo apt-get install samtools


これでインストールできるので簡単だが、現在のところ samtools の -F4 オプションが動かない

sudo apt-get install samtools がうまく働いていないと考え、別のページから Samtools1.7 をダウンロード。フォルダを所定の場所に移し、make をすると lzma.h がないという fatal error。

エラーでググると、liblzma-devel というパッケージが必要とのこと。sudo apt-get update, sudo apt-get install lliblzma-dev をしたあとに、再び Samtools フォルダで make。今度はエラーなし。

この状態では samtool が動かず、最初は諦めかけたが、manual を見てみると以下の 3 つのコマンドを実行せよとあった。

./configue
make
make install


どうも、make だけでは不十分で make install が必要だった (実際は sudo が必要で、sudo make install とした)。やっぱりマニュアルはちゃんとチェックしなければならない。


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